Die Mathilde-Eller-Schule ist auch Seminarschule der Regierung von Oberbayern.
Seit vielen Jahren ist ein Studienseminar für das Lehramt für Sonderpädagogik, Förderschwerpunkt geistige Entwicklung, an das Förderzentrum angebunden. Am Standort Margarethe-Danzi-Straße finden regelmäßig Seminartage für angehende Sonderpädagoginnen und Sonderpädagogen aus Oberbayern statt, um sie nach dem Studium in ihren vielfältigen Aufgabenfeldern des Lehrerberufes zu begleiten. Diese 2-jährige Ausbildung (Referendariat) beenden sie mit dem 2. Staatsexamen. Durch die Zusammenarbeit mit dem Studienseminar profitieren Seminarteilnehmer*innen und Schule in hohem Maße voneinander und es können viele gewinnbringende Potenziale genutzt werden.